De Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW) besteedt aandacht aan biotechnologie middels de Commissie Dierproeven en Biotechnologie (CDB).

Deze commissie adviseert over ontwikkelingen, resultaten, toepassingen, de aanvaardbaarheid en de ethische en maatschappelijke implicaties van medisch-biologisch, biotechnologisch, moleculair-biologisch en genetisch onderzoek waarbij gebruik wordt gemaakt van dieren, genetisch gemodificeerde planten of micro-organismen.

Daarnaast informeert de commissie de politiek en het brede publiek over aspecten van dit soort onderzoek en de al dan niet commerciële toepassing van de resultaten en bevordert het onderzoek naar alternatieven voor dierproeven.

De Gezondheidsraad is een onafhankelijk wetenschappelijk adviesorgaan. Eén van de onderdelen van de Gezondheidsraad is de Raad voor Gezondheidsonderzoek (RGO). Deze heeft tot taak de ministers van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS), van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap (OCW) en van Economische Zaken (EZ) te adviseren over prioriteiten in het gezondheidsonderzoek, in het zorgonderzoek en de technologieontwikkeling in deze sector. Het maatschappelijk perspectief is daarbij steeds het uitgangspunt.

De RGO stelde in april 2006 op verzoek van het ministerie van VWS een advies op met aanbevelingen voor een afgeronde, breed gedragen Onderzoeksagenda Medische Biotechnologie.

De Nederlandse Biotechnologie Associatie (Niaba) behartigt de belangen van alle bedrijven die biotechnologie gebruiken en/of ontwikkelen. De aangesloten bedrijven streven ernaar de kwaliteit van het menselijk leven te verbeteren middels biotechnologie, maar stellen daarbij wel gezondheid, veiligheid en bescherming van het milieu voorop.

BioFarmInd is een belangenvereniging specifiek voor de medisch biotechnologische industrie in Nederland en wil de maatschappij duidelijk maken wat de biotechnologisch farmaceutische industrie de gezondheidszorg nu en in de toekomst te bieden heeft. 

Daarbij wil zij vooroordelen rond biotechnologie bij de burgers uit de wereld helpen en een actieve rol spelen in  de normering van het biotechnologische onderzoek in Nederland en aangeven waar regelgeving de biotechnologische ontwikkelingen nadelig zou kunnen beïnvloeden.

De Vereniging van Samenwerkende Ouder- en Patiëntenorganisaties (VSOP) is een koepel van patiëntenverenigingen rondom erfelijke, zeldzame ziekten en aandoeningen. Voor veel van deze ziekten en  aandoeningen biedt medische biotechnologie hoop op een therapie in de toekomst.

Volgens de VSOP zijn er een aantal gebieden binnen de medische biotechnologie die de aandacht verdienen en hetzelfde geldt voor dierproeven die voor veel van dit onderzoek onmisbaar, dan wel wettelijk verplicht zijn.

Het Centrum voor Ethiek en Gezondheid (CEG) is een samenwerkingsverband van de Gezondheidsraad en de Raad voor de Volksgezondheid en Zorg (RVZ). Het centrum signaleert ontwikkelingen op het gebied van gezondheid die een plaats verdienen op de ethische agenda van de overheid. Dit zijn uiteenlopende onderwerpen zoals de maakbare mens, gebruik van lichaamsmateriaal,  medisch-wetenschappelijk onderzoek bij mensen, stamcellen, toepassing en gebruik van foetaal weefsel.

De Nederlandse Vereniging voor Bio-ethiek is opgericht om onderzoekers uit verschillende vakgebieden, werkzaam in allerlei onderzoeksinstituten, met elkaar in contact te brengen. De organisatie stelt zich tot doel de waarden van een open discussie over verschillende bio-ethische problemen in wetenschap en samenleving hoog te houden.

Werkplaats Biopolitiek analyseert sinds 1987 ontwikkelingen in de biotechnologie met oog voor maatschappelijke (machts)verhoudingen. Werkplaats Biopolitiek heeft niet alleen belangstelling voor de producten van biotechnieken, maar juist ook voor de 'grondstof-winning' en de politieke keuzes om bepaalde technologie te ontwikkelen.

Het Lindeboom instituut is een wetenschappelijk studiecentrum dat volgens eigen zeggen vanuit de christelijke levensbeschouwing de besluitvorming over ethische kwesties in de politiek en de gezondheidszorg probeert te beïnvloeden. Op de website wordt onder meer ingegaan op "de grenzen aan medisch-technische of biotechnische beheersing van de mens en in het bijzonder van de menselijke vrucht en van levende organismen in bredere zin."

De Stichting Medische Ethiek werd in 1993 opgericht met als doel de bestudering van de ethische grondslagen van het medisch handelen vanuit rooms-katholiek perspectief. Op het gebied van medische biotechnologie laat de stichting zich over het algemeen kritisch uit over het gebruik van embryo's en embryonale stamcellen en onderzoek naar het erfelijk materiaal, of het aanpassen daarvan. Verder brengt de stichting allerlei visies op orgaandonatie in beeld.

De Stichting Informatie Dierproeven geeft op eigen initiatief informatie over dierproeven vanuit het patiëntenperspectief. Namelijk het belang van dierproeven voor medische vooruitgang. Aan bod komen de wetgeving die dierproeven verplicht stelt, resultaten die dankzij dierproeven worden bereikt, de strenge regels die gelden, het gebruik van alternatieven en het aantal proefdieren dat in Nederland wordt ingezet.

De Dierenbescherming pleit voor een verbod op dierproeven. Echter, zolang dierproeven een maatschappelijke realiteit zijn en een fundamenteel gezondheidsbelang dienen voor mens en dier, werkt de dierenbescherming met de 'stap-voor-stap'-benadering, uitgaande van de drie V's: Verfijning, Vermindering, Vervanging.

Biotechnologische handelingen bij dieren beschouwt de dierenbescherming volgens eigen zeggen niet als verfijning. De Dierenbescherming is tegenstander van genetische modificatie van dieren.

Proefdiervrij verzet zich tegen biotechnologische experimenten op dieren. Zo vecht de organisatie bijvoorbeeld vergunningen aan die aangevraagd moeten worden voor dierproeven.

Het Forum Biotechnologie en Genetica (FBG) bestaat uit vertegenwoordigers van overheid, bedrijfsleven, gezondheidszorg, wetenschappers, ethici, verzekeraars en patiënten. Het Forum biedt het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) signalementen op het terrein van nieuwe ontwikkelingen in de medische biotechnologie en de humane genetica, zowel op nationaal als op Europees niveau.

De Stichting Toekomstbeeld der Techniek verkent trends en ontwikkelt inspirerende visies op de toekomst van techniek en maatschappij, waaronder ook biotechnologische onderwerpen, zoals gentechnologie en nanotechnologie.